Maria Janion to wielki projekt humanistyki w działaniu. Rozumiała poznanie i myślenie jako niekończące się procesy, których domknięcie przeczyłoby ich sensowi. Literatura, wyobraźnia, historia idei były dla niej emanacjami życia intelektualnego, życia duchowego, które organizuje znaczenie każdej egzystencji. Edukacja i wychowanie jako projekt wejścia w kulturę oznaczały rozpoznanie porządku wyobrażeń nad znaczeniem których można pracować. Łączyła w swoim myśleniu hermeneutykę jako egzegezę znaczeń oraz ponowoczesność, rozumiejącą kulturę jako system wykluczeń, które należy przekraczać w stronę przywracania mniejszości.
Najważniejszym słowem-emblematem jej myśli jest „trangresja”, czyli przekroczenie zastanych form rozumienia świata. „Transgresje” to tytuł kultowej serii książek, zapisujących tematy i wątki jej słynnego seminarium z okresu, gdy prowadziła je w Gdańsku. To, co marginalne, odmienne, odrzucone, było dla niej zawsze sferą odwrotną niż sfera tradycyjnego wyparcia – to, co wykluczone, redefiniowało dla niej kulturowe centrum. Dlatego prowadząc swoje zajęcia już w Warszawie, zainteresowała się feminizmem, dialektyką męskiej dominacji i kobiecej podległości oraz zapisami przekraczania hierarchii różnicy płci w tekstach kultury. Jej pozycja wobec różnicy płci była niebinarna – podważała zastane sensy identyfikacji genderowej w rozumieniu systemu komunikacji, podważała rozumienie literatury jako systemu znaków utrwalających opresję, zawsze szukała ukrytego w nich alternatywnego porządku.
Była autorką ponad dwudziestu książek, w których projekt „humanistyki jako poznania i terapii” przekształcał się płynnie w projekt krytyki fantazmatycznej i postulat odnawiania znaczeń. Romantyzm – pierwszy teren jej zainteresowań – traktowała nie tylko jako epokę formowania kodów nowożytności, ale również – w polskim przypadku – jako sferę powstania matrycy narodowej, nazbyt peryferyjnie ograniczającej się do martyrologii. Kres paradygmatu romantycznego, który przewidywała po 1989 roku, miał uczynić polską sferę symboliczną bardziej podatną i otwartą na wymiar indywidualny oraz napięcia egzystencji związane z intymnością czy prywatnością. Paradygmat romantyczny w kulturze polskiej jednak nie umarł, lecz uległ swoistemu rozdwojeniu. Współczesna polska produkcja symboliczna zawiera dużo odniesień publicystycznych i organizuje się wokół kwestii politycznych. Współczesny mainstream konserwatywnej sceny politycznej skupia się tymczasem na kultywowaniu patriotycznego kiczu i pielęgnowaniu martyrologii, która urasta do rangi głównego polskiego idiomu kulturowego. W tekście „Rozstanie z Polską” Janion wyraziła przekonanie o absolutnej zgubie triumfu nieprzepracowanego idiomu martyrologicznego: Polska staje się więc osobistą sprawą każdego z nas i koniecznością budowy alternatywnego równościowego, emancypacyjnego imaginarium. Jej książka „Niesamowita Słowiańszczyzna” (którą „Rozstanie z Polską” wieńczy) koduje słowiańskość jako alternatywny, ukryty i niepoznany fantazmat polskiej tożsamości, który może odnowić inne toposy polskiej wyobraźni. Wśród nich na jedno z najważniejszych miejsc wybija się ciągle źle przyswojona, a analizowana w kolejnych pracach autorki obecność Żydów w polskiej kulturze.
Janion zawsze różnicowała i niuansowała sensy. Była gigantką intelektualną, ale też Syzyfką znaczenia wydobywającego różnicę, Midasem snucia interpretacji ujawniających nowe, niedoczytane pokłady. Jednym z najważniejszych wyzwań jej myślenia była egzystencja, która jest naszą najwyższą odpowiedzialnością. Jej sposób uprawiania humanistyki łączył się z życiem. Jej seminaria angażowały uczestniczki i uczestników w sposób wykraczający poza „zwykłe” studiowanie. Dzieliła się nie tylko wiedzą, ale również przeżywaniem spraw publicznych, rozumieniem życia jako wiecznego myślenia. To z jej seminariów wyszły inicjatorki pierwszych Manif 8 marca, który dziś stały się stałym elementem polskiego życia politycznego. Feministyczny aktywizm nigdy nie kłócił się dla niej z naturą intelektualnej refleksji.
Działać znaczy żyć. Jej pisanie było również jak działanie. Pamiętam, jak uczyła mnie prowadzić wywód w moich pierwszych poważnych tekstach. Każde zdanie powinno być obliczone na próbę zmiany świata. Widziała więcej niż inni i więcej czuła. Była wymagająca, ale była też „czarodziejką”, jak nazywali ją niektórzy – przy niej świat myśli płonął. Była wielką krytyczką polskiej kultury i odnowicielką jej sensów. Jej dzieło to epokowa, cywilizacyjna zmiana w polskiej myśli. Zwłaszcza dzisiaj nabiera ono aktualności, gdy dusimy się w „harmiderze wojowników Boga, honoru i ojczyzny”, ale możemy pamiętać jednak, że „szczęściem dzieci ziemi jest jedynie osobowość”, jak głosiło hasło „Odysei wychowania”. Edukacja, kultura i sztuka to jedyne narzędzia wywrotowe, które pozwolą nam zrozumieć siebie i walczyć o inną, równościową, w pełni nowoczesną przyszłość.